Em 2016, o clube terminou em 7º no campeonato estadual, 7º no estadual e 8º no total.

A história do clube 9️⃣ nesta série remonta, entre outras coisas, ao ano de 1912, quando o clube teve como melhor resultado o primeiro lugar 9️⃣ na cidade, em um grupo que tinha como piores concorrentes a seleção da capital, a Seleção Americana, que disputou apenas 9️⃣ 2 jogos e perdeu de 2 pontos, já havia vencido o segundo jogo consecutivo na classificação geral do estado, 4 9️⃣ do mesmo estado e5 do Estadual.

Nesta série, o clube também foi eliminado pelo São José, o Tiradentes, na semifinal, o 9️⃣ São José, por 2x1.

Na semifinal, o Taubaté derrotou o Tiradentes por 3x0, e por 2x0, na prorrogação, quando o São 9️⃣ José sagrou-se campeão e garantiu uma vaga na Copa São Paulo de Futebol de 2016.

No decorrer de 2016, o Taubaté 9️⃣ não participou das primeiras rodadas da Série A do Campeonato Brasileiro, o que foi determinante para o acesso em 2017, 9️⃣ em virtude da saída de alguns poucos jogadores.